O SENAR-CE é administrado por um Conselho Administrativo formado por representantes dos produtores, dos trabalhadores e das classes produtivas. O Conselho Administrativo, é presidido pelo presidente da Federação da Agricultura do Estado do Ceará - FAEC e composto por representantes da Federação dos Trabalhadores na Agricultura do Estado do Ceará - FETRAECE, do SENAR Administração Central e das classes produtoras indicados pela Federação das Indústrias do Estado do Ceará- FIEC.